图1

在这个交互图上，我们点击感兴趣的因子，比如DNMT，就可以链接到数据库的相应实体。此处我们点击DNA甲基转移酶（DNMT）。如图2所示，链接到了4钟DNA甲基转移酶，即是DNMT1，DNMT3A，3B，3L。图中还简要列出了这个基因的作用(第六个栏目，function)，比如DNMT3A的作用是DNA修饰（DNA modification）。DNMT3L的作用是组蛋白修饰阅读（histon modification read）。图中还简要列出了这个基因的蛋白-蛋白相互作用结构域(第四个栏目，pfam domains)。

图2

点击相应的栏目，可以链接到相应的外部数据库，比如点击第三栏的DNMT1 human,就可以链接到UniProt 蛋白质表达数据库，如图3所示。

图3

这个数据库还提供了纳入的表观遗传因子在组织或者细胞中的表达情况，比如点击主菜单Expression栏目（如图4所示），可以看到列出了225种细胞系，12种细胞组分（细胞质/细胞核），458种原代细胞，135种组织中表观遗传因子的表达情况。

图4

比如我们继续点击Tissue （135）, 选择其中的成人脂肪组织(adipose tissue,adult)，就可以看到在脂肪组织中各个表观遗传因子的表达量情况，其中FOX1的表达量最高，排在第1位，后面还有SETD7，ATF2等等。我们点击Get CSV,还可以把这些结果下载下来， 用Excel打开。如图5所示。

图5

EpiFactors数据库中的所有表都可以csv格式下载。同样，可以从数据库的“下载”部分下载所有样品中所有表观遗传因子的情况表。是不是很全面呢？如图6所示。

图6

怎么样应用这个数据库呢？举个刚刚发表的文献的例子(参考文献2)。这篇文章中，作者通过质谱构建了人类300种激酶的数据库，然后从EpiFactors中下载所有的表观遗传因子，并将其分类，然后预测激酶和不同类别表观遗传因子的相互作用（原文figureS3H）。

图7

网络数据库EpiFactors提供了表观遗传调控中涉及的人类蛋白质和复合物的广泛信息。每个蛋白质和复杂的条目都已提供到外部公共资源的链接。该数据库将为小伙伴们提供了一个宝贵的研究工具。想要进一步了解，可以参考文献：

1.Yulia A. Medvedeva, Andreas Lennartsson, Rezvan Ehsani, Ivan V. Kulakovskiy, Ilya E. Vorontsov, Pouda Panahandeh, Grigory Khimulya, Takeya Kasukawa, The FANTOM Consortium and Finn Drabløs. Database (2015) 2015 : bav067; doi: 10.1093/database/bav067

2. Mol Cell. 2020 Aug 6;79(3):504-520.e9.Kinase Interaction Network Expands Functional and Disease Roles of Human Kinases.

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